O citoplasma pode conter, conforme o tipo celular estudado e seu estado funcional, acúmulos, geralmente temporários, de substâncias diversas, não envoltas por membrana. São frequentes os depósitos do polissacarídio glicogênio, sob a forma de grânulos esféricos com 30nm de diâmetro, que podem existir isoladamente ou agrupaos. O glicogênio, um polímero da glicose, é uma reserva energética para as células animais. Muitas células contêm gotículas lipídicas de constituição química e tamanho muito variáveis. Depositos de pigmentos também não são raros; um exemplo é a melanina, encontrada nos cromatóforos e nas células da epiderme (camada mais superficial da pele), e outro exemplo é a lipofuscina, pigmento pardo que se acumula em algumas células de vida longa, como neurônios e células musculares cardíacas, à medida que elas envelhecem. Os depósitos que contêm pigmento são, em parte, responsáveis pela cor dos seres vivos, com implicações nos processos de mimetismo, na atração para acasalamento e na proteção contra as radiações ultravioleta da luz do sol.